Κύριο έργο της Διεύθυνσης Προστασίας Θαλασσίου Περιβάλλοντος του Αρχηγείου Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής είναι να κατευθύνει, να συντονίζει και να ελέγχει την δράση των κεντρικών και περιφερειακών Υπηρεσιών του έτσι ώστε να επιτυγχάνεται με κάθε δυνατό και πρόσφορο μέσο η πληρέστερη και αποτελεσματικότερη αντιμετώπιση των θεμάτων προστασίας του θαλασσίου περιβάλλοντος. Τα θέματα αυτά, λόγω της γεωγραφικής θέσης και γεωφυσικής διάταξης της χώρας μας, χαρακτηρίζονται από μία ιδιαίτερη ευαισθησία.
Ειδικότερα η Διεύθυνση Προστασίας Θαλασσίου Περιβάλλοντος (ΔΙ.Π.ΘΑ.Π) είναι αρμόδια για την εποπτεία, την παρακολούθηση και τον συντονισμό των Λιμενικών Αρχών για την εφαρμογή της ισχύουσας νομοθεσίας στους τομείς πρόληψης και καταπολέμησης ρύπανσης της θάλασσας και των ακτών. Παράλληλα, μεριμνά για την ενίσχυση και τον εκσυγχρονισμό των διατιθέμενων μέσων και υλικών καταπολέμησης ρύπανσης στις Λιμενικές Αρχές και στους Περιφερειακούς Σταθμούς Καταπολέμησης Ρύπανσης, καθώς επίσης διοργανώνει εκπαιδευτικά προγράμματα για την συνεχή εκπαίδευση του προσωπικού Λ.Σ−ΕΛ.ΑΚΤ., με συμμετοχή στελεχών παράκτιων εγκαταστάσεων και εθελοντικών οργανώσεων, στα θέματα προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος.
Η Διεύθυνση Προστασίας Θαλασσίου Περιβάλλοντος του Αρχηγείου Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής, αποτελείται από τα ακόλουθα τμήματα:
Τμήμα 1ο - Πρόληψης/Αντιμετώπισης Περιστατικών Ρύπανσης
Τμήμα 2ο - Τεχνικών Μέσων
Τμήμα 3ο - Διεθνούς Συνεργασίας