Η Διεύθυνση Επιχειρήσεων σχεδιάζει επιτελικά, συντονίζει, διενεργεί και παρακολουθεί επιχειρήσεις σε όλο το εύρος της αποστολής του Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ., συμπεριλαμβανομένων αυτών προς ανταπόκριση σε περιστατικά ναυτικής έρευνας και διάσωσης, εφαρμόζοντας οποιοδήποτε σχετικό Σύστημα Χειρισμού Κρίσεων και μεριμνά για θέματα οπλισμού του Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ., μέσω των ακόλουθων τμημάτων της:
α) Τμήμα Επιχειρήσεων Έρευνας-Διάσωσης
β) Τμήμα Επιχειρήσεων-Αποστολών
γ) Τμήμα Σχεδιασμού, Ειδικών Μονάδων και Οπλισμού
Επιπλέον συνιστώνται στις κατά τόπους λιμενικές αρχές Κλιμάκια Ειδικών Αποστολών Λ.Σ. (Κ.Ε.Α./Λ.Σ.) με αποστολή κυρίως τη ληψη μέτρων για την προστασία, ασφάλεια και εν γένει τάξη στο χώρο ευθύνης της λιμενικής αρχής.