Η Διεύθυνση Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας μεριμνά για τον καθορισμό όρων ασφαλούς ναυσιπλοΐας προς προστασία της ανθρώπινης ζωής και περιουσίας στη θάλασσα, τη θέσπιση εθνικού κανονιστικού πλαισίου επί θεμάτων ασφαλούς ναυσιπλοΐας, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που αφορούν τεχνικά θέματα κατασκευής και εξοπλισμού πλοίων καθώς και την προσαρμογή της εθνικής νομοθεσίας σύμφωνα με τις Διεθνείς Συμβάσεις που κυρώνει η χώρα και την ενωσιακή νομοθεσία, την οργάνωση της διενέργειας και την άσκηση ελέγχων της ποιότητας των επιθεωρήσεων των υπό ελληνική σημαία πλοίων καθώς και πλοίων με ξένη σημαία που καταπλέουν σε ελληνικούς λιμένες σύμφωνα με το Μνημόνιο Κατανόησης των Παρισίων (Paris MOU), την αναγνώριση και εξουσιοδότηση των Αναγνωρισμένων Οργανισμών, το διοικητικό έλεγχο των ναυτικών ατυχημάτων, τη διαμόρφωση και υποστήριξη θέσεων και το συντονισμό ενεργειών επί θεμάτων ασφάλειας ναυσιπλοϊας σε διεθνές επίπεδο. Επίσης, προγραμματίζει, σχεδιάζει, αναπτύσσει, θεσπίζει και εφαρμόζει το νομοθετικό πλαίσιο, οργανώνει επιχειρησιακά τα συστήματα παρακολούθησης θαλάσσιας κυκλοφορίας και παράκτιας επιτήρησης θαλασσίου πεδίου που διαθέτει ή χρησιμοποιεί το Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ. και σχετίζονται με τον εντοπισμό των πλοίων, μέσω των ακόλουθων Τμημάτων της:
α) Τμήμα Ασφαλούς Ναυσιπλοϊας και Ναυτικών Ατυχημάτων
β) Τμήμα Νομοθεσίας και Διεθνούς Συνεργασίας
γ) Τμήμα Θαλάσσιας Επιτήρησης και Διαχείρισης Κυκλοφορίας Πλοίων
δ) Τμήμα Οργάνωσης και Εποπτείας Επιθεωρήσεων πλοίων (Paris MOU)