Η Διεύθυνση Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος εποπτεύει, παρακολουθεί και συντονίζει τις Λιμενικές Αρχές για την πρόληψη και καταπολέμηση ρύπανσης της θάλασσας και των ακτών, μεριμνά για την ενίσχυση και τον εκσυγχρονισμό των διατιθέμενων μέσων και υλικών καταπολέμησης ρύπανσης στις Λιμενικές Αρχές και στους Περιφερειακούς Σταθμούς Καταπολέμησης Ρύπανσης, τη συχεχή εκπαίδευση του προσωπικούΛ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ. στα θέματα αρμοδιότητάς της και παρακολουθεί και συμμετέχει στις εργασίες των διεθνών οργανισμών και της Ε.Ε. σε θέματα προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος μέσω των ακόλουθων Τμημάτων:
α) Τμήμα Πρόληψης-Αντιμετώπισης Περιστατικών Ρύπανσης
β) Τμήμα Τεχνικών Μέσων
γ) Τμήμα Διεθνούς Συνεργασίας