Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Διαχείρισης Πόρων Γαλάζιου Ταμείου, Συγχρηματοδοτούμενων Έργων είναι οι ακόλουθες:
α) Η καταγραφή των αναγκών για την κατάρτιση και υποβολή προτάσεων χρηματοδότησης προς έγκριση από το «Πράσινο Ταμείο» για την αξιοποίηση των πόρων του ειδικού λογαριασμού «Γαλάζιο Ταμείο».
β) Η κατάρτιση και υποβολή των προτάσεων χρηματοδότησης και αναπτυξιακών προγραμμάτων προς έγκριση από Εθνικούς και Ευρωπαϊκούς πόρους και η μέριμνα για κάθε άλλη ενέργεια που απαιτείται για την υλοποίηση των προτάσεων και προγραμμάτων αυτών.
γ) Η τήρηση των αναγκαίων στοιχείων που αφορούν την έκδοση αποφάσεων επιβολής προστίμων που αποτελούν πόρους του «Γαλάζιου Ταμείου».
δ) Η εκπροσώπηση του Υπουργείου Προστασίας του Πολίτη, στις συνεδριάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου του Πράσινου Ταμείου όταν συζητείται η διάθεση και αξιοποίηση των πόρων του «Γαλάζιου Ταμείου» (ν.3889/2010, Α΄ 182).
ε) Η εκπροσώπηση του Υπουργείου Προστασίας του Πολίτη σε φορείς διαχείρισης προστατευόμενων περιοχών (ν. 2742/ 1999, Α΄207).
στ) Η εκπροσώπηση σε επιτροπές συναρμοδίων Διευθύνσεων για την έκδοση πιστοποιητικού Διαχειριστικής Επάρκειας του Φορέα και την διατήρησή του εν ισχύ και η μέριμνα για την διατήρηση της διαχειριστικής ικανότητας υλοποίησης χρηματοδοτικών προγραμμάτων.